本殿（神殿）の建築様式には明神造（伊勢神宮）・大社造（出雲大社）・春日造（春日大社）・流れ造（上賀茂神社）など十種類以上の様式があり、宇佐神宮の様式は八幡造とよばれています。この八幡造は、二棟の切妻造平入の建物が前後に接続した形で、両殿の間に一間の相の間（馬道） がつき、その上の両軒に接するところに大きな金の雨樋が渡されております。桧皮葺で白壁朱漆塗柱の華麗な建物が、横一列に並んでいます。
奥殿を「内院」・前殿を「外院」といいます。内院には御帳台があり、外院には御椅子が置かれ、
いずれも御神座となっています。御帳台は神様の夜のご座所であり、椅子は昼のご座所と考えられています。神様が昼は前殿、夜は奥殿に移動することが八幡造の特徴です。また、八幡造の基となっ
たのは、二之御殿の脇殿・北辰神社の建物ではないかといわれています。
一之御殿が神亀２年（７２５）、二之御殿が天平５年（７３３）、三之御殿が弘仁１４年（８２３） にそれぞれ建てられました。現在の建物は、安政２年から文久元年（１８５５〜６１）に造営された建造物です。代表的な八幡造の神社は、石清水八幡宮（京都府）・柞原八幡宮（大分市）・伊佐爾波神社 （愛媛県）などが有名です。.
