現在の本殿は向かって左から一之御殿、二之御殿、三之御殿とならび、二之御殿の前に申殿があり、八幡造りの本殿があるが、８２３年弘仁１４年に三之御殿ができて、この形式になったので、それ以前は、一之御殿と二之御殿が並んでいたとなると、二之御殿の祭神を、八幡さまの妻神と考えられたり、八幡さまとの中をとりもつ女神などと考えられた。すなわち玉依比売とか大宮能売神とかいう学者もあったが、社伝では、天照大御神と素戔嗚尊のウケヒによってあらわれ、素戔嗚尊の劔を物実とした、三柱の比売大神で、筑紫の宇佐島に天降った神とされている。宇佐の国造らが、奥宮の御許山を中心として祭つたものと伝えられている。そして八幡さまのあらわれる以前の古い神様、地主神であるとされている。
この国造も高皇産霊尊から出た天御降命の末裔というので、宇佐島に天降った三神と大きな複線をなしている。神武天皇の東征の折、宇佐にとどまり、国造の妹の宇佐津媛と藤原氏の祖である天種子命との結婚という縁が宇佐神宮が朝廷とを結ぶ要因をなしている。このほか、三女神は道主貴となって宗像大社や厳島神社などに祭られ、海洋神として神威をあらわされた事も考えなければならない。
八幡様が宇佐にあらわれるに至つた、いきさつは、三殿ともに脇侍の神のあることである。もちろん、仏教の関係で、こうした脇侍という形式が、おのずから、できたとも思われるが、神威の上からは、重大なことである。一之御殿が春日神社、二之御殿が北辰神社、三之御殿が住吉神社、ということである。この二之御殿の比売大神に北辰の脇寺を祭るということは､仏教的に言えば八正道というような宗教意識の広がりをもつものではないかと思われる。とにかく神代よりまします比売大神は、かくと断定され得ないのである。比売大神の昔より祭祀のあつた宇佐の地に、外交政策になやみ、任那が亡ぼされて１０年目、欽明天皇の崩御の年に、八幡大神があらわれたことは、現代人にも、何かを指示される点がある。
